目前尚缺乏特效的治療方法。外科治療的目的是引流膽汁，使膽管減壓，以減輕肝臟損害。在手術探查膽道時，須作膽管壁和肝活檢，並作術中膽道造影和膽汁的需氧及厭氧菌培養。對局限性狹窄者可行狹窄處擴張，放入T形管、導尿管或塑料管及撐引流，引流管可自膽管切口或肝面引出。引流管最好留置1年以上，也有人主張長期留置，甚至終生保留。有時肝外膽管管腔太細，置管引流也會發生困難和失敗。雖有主張在狹窄的膽管上作膽腸內引流術的，但多因技術困難，減壓效果不理想，很少被人採用。一般認為如病人經內科藥物治療後好轉或已發展有膽汁性肝硬化者，不宜作手術治療。有認為如病人伴有活動性潰瘍性結腸炎時，作結腸切除術可能對穩定原發性硬化性膽管炎的病情有一定的幫助。近年來，已有人採用經內窺鏡或經皮肝穿刺途徑作插管和作膽管氣囊擴張術，但成功率不高。內科治療主要是長期應用類固醇激素藥物，可緩解症狀，但一般不改變其病程。早期效果較好，後期效果不理想。廣譜抗生素能控制膽管急性炎症的發作，可與激素聯合應用。也有人用免疫抑制劑如硫唑嘌呤等治療，但療效不肯定。

    預後

    原發性硬化性膽管炎的預後較差。有人認為此症最終都將發展成膽管癌。最終結果多數是繼發性膽汁性肝硬化、門靜脈高壓症。多數病人死於肝功能衰竭、肝昏迷，但死於食管靜脈曲張破裂大出血者並不多見。多數人在診斷後僅能緩解5～10年，平均6～7年，合併有潰瘍性結腸炎者預後更差。